Вторая часть из серии фильмов о юных мутантах черепашках ниндзя. Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло когда то были домашними черепашками, жившими в аквариуме своего хозяина. Однажды братья были выброшены в канализацию, где они подверглись мутации и стали огромного размера. Там же они познакомились со своим наставником, мутированной крысой по имени Сплинтер. Долгие годы Сплинтер тренировал черепах боевым искусствам, каждый из героев овладел своим любимым оружием: Мечами, трезубцами, нунчаками и палкой. Когда ребята стали опытными бойцами Сплинтер разрешил им выйти на поверхность города Нью-Йорк. Покинув привычный мир канализаций, наконец черепахи увидели город. Здесь герои защищали простых жителей от преступников, у них появилась новая подружка телеведущая Эйприл О'Нил, а так же масса врагов, с которыми они легко справлялись. В этот раз на город обрушилась серьезная беда, инопланетный летающий аппарат разверг небеса над Нью-Йорком и атаковал дома мирных жителей. С небес спустились так же два огромных супер злодея - Бибоп и Рокстеди, мутанты желающие убить спасателей города. Тем временем Эйприл попадает в передрягу с бандитами, а на помощь приходит супер герой в маске и с клюшкой в руке - Кейси Джонс, от которого ведущая просто без ума. Кейси воссоединяется с черепахами и идет в бой против инопланетных мутантов, вместе герои защитят Нью-Йорк от захватчиков.